VPN合同印花税的税率是一个复杂且涉及多因素的计算问题，具体步骤如下

1. 确定税率地区：根据所在国家的法规，确定具体的印花税税率，欧盟通常使用5%或更高税率。

2. 计算总交易金额：明确VPN交易的总金额,包括所有相关费用。

3. 确定税率基数：根据当地法律和法规，确定印花税的税率基数,通常基于网络或服务器的使用量。

4. 计算税款：将交易金额乘以税率，得到税款，总交易金额为1元，税率5%,税款为5元。

5. 考虑附加税项：在某些情况下，可能需要额外的税项，如网络连接费、数据传输费等。

6. 处理分期付款或优惠政策：根据税务机关的要求,是否可以分阶段缴纳税款或是否有优惠政策。

7. 遵守法律和规定：确保VPN合同的签署和使用符合相关法律法规,避免因法律问题导致的税款不符。

通过以上步骤，可以准确计算和缴纳VPN合同的印花税,同时确保交易的合法性和合规性。